Hay 11 Niveles Secretos en Astro Bot. Están indicados por un icono de «agujero de gusano» en ciertos niveles. Esos niveles tienen una salida oculta que te teletransporta al nivel secreto. Los niveles secretos son los mejores coleccionables ocultos del juego. Todos ellos forman parte de la «Galaxia Perdida», que aparece en la parte inferior del mapa espacial, debajo de las otras 5 galaxias. Hay 2 niveles secretos desbloqueables en cada una de las 5 galaxias principales. El 11º nivel se desbloquea tras terminar los 10 primeros.
Si utilizas estas salidas secretas del nivel, te teletransportarás fuera del nivel, con lo que éste terminará inmediatamente.
1. Club de fans
La entrada se encuentra en Gorilla Nebula > Az-Tech Trail.
Cuando entres en un pequeño templo, apaga los 4 fuegos que hay en la pared (usa la mariquita para alcanzar los que están más arriba) y revelarás la entrada a la Galaxia Perdida.
2. Hongos Funky
La entrada se encuentra en Gorilla Nebula > Creamy Canyon.
Cuando llegues a una zona con un cerdo, agárralo por la cola y lánzalo contra la escultura de foca congelada que hay en la parte superior de la zona anterior (la zona anterior al cerdo). Sube y sujeta 
para perforar la arena. Dentro encontrarás la Galaxia Perdida.
3. El limbo de las bombillas
La entrada se encuentra en el Archipiélago Go-Go!.
Después de derrotar al jefe al final del nivel, puedes encontrar un punto para girar hacia abajo por donde cayó una de sus pinzas en el lado derecho. Allí abajo está la entrada a la galaxia perdida.
4. Boxel Bust-Up
La entrada se encuentra en Downsize Surprise.
Después de atravesar el dormitorio, y tras trepar por las hojas de un árbol mientras estabas en Downsize, llegarás a una azotea. No tomes el camino de la derecha que lleva a la sección de plataformas de la torre del reloj. En lugar de eso, examina el lado izquierdo en busca de una placa azul en el suelo, deslízate sobre ella con tus pies-láser para destruir la cubierta, y luego salta hacia arriba. Sopla en tu mando para activar la rana que sopla burbujas, o golpea a la rana. Mientras estás abajo, sube a la burbuja para encontrar la salida secreta del nivel en la rama del árbol.
5. Fiebre del horno
La entrada se encuentra en la Batalla de los Baños.
Después de hacer girar una flor azul para llenar una piscina, tienes que empapar unas esponjas en una pared para que crezcan y se conviertan en plataformas por las que puedas saltar. Luego llegas a una azotea con una pequeña piscina a la derecha y 3 enemigos blob en llamas justo delante en el tejado. Aquí ve a la izquierda para encontrar una chimenea. Salta a la puerta torii roja y luego sube al árbol rosa. Después echa un chorro de agua en la chimenea para apagar el fuego, y luego salta a la chimenea.
6. Ghouls & Bots
La entrada se encuentra en ¡Libera al Gran Hermano!
Después de romper todas las cerraduras del gran robot para liberarlo, retrocede hasta el inicio del nivel. Allí verás una estructura de templo que sobresale del agua, acércate y aparecerá un alienígena. Aquí también encontrarás dos plataformas, cada una con un rayo. Sitúate sobre cualquiera de ellas y espera a que el alienígena desate un ataque relámpago mientras estás sobre ella. Repite la operación en la otra y accederás a la Galaxia Perdida. Si matas al alienígena vuelve a la isla y reaparecerá. Puedes coger primero los robots restantes y luego salir del nivel por aquí.
7. ¡Poder de tracción de los cohetes!
La entrada se encuentra en la Pirámide de Hieroglitch.
Al final del nivel, en la sala donde está la plataforma de salida del nivel normal. Detrás de la salida de nivel ve hasta el final de la zona para encontrar tablas de madera, salta y conviértete en la bola de metal para destruirlas, entonces serás catapultado hasta la salida de nivel secreta.
8. Dojo Peligro
La entrada se encuentra en Brisa de Globo.
Después de coger el potenciador de este nivel, retrocede hasta la mariquita anterior y luego salta, planea y usa el potenciador de este nivel para alcanzar una maceta en medio del cielo. Acuchilla el bambú con el DualSense y llega a la entrada. Para activar la entrada, debes utilizar tus propulsores en el anillo metálico que rodea los ojos. Utiliza la salida del nivel aquí y reinicia el nivel para limpiar los coleccionables restantes.
9. Héroe de alta succión
La entrada se encuentra en Djinny De La Lámpara.
Tras derrotar al Djinny, ignora la plataforma de final de nivel. En su lugar, date la vuelta y sube a lo alto de la plataforma. Habrá plataformas invisibles por las que saltar que se alinean con los cuadrados oscuros del suelo. Cuando llegues al otro lado, golpea la alfombra y súbela hasta arriba para encontrar la entrada a la Galaxia Perdida.
10. Tortugas en la basura
La entrada se encuentra en Comida Congelada.
Cerca del final del nivel llegas a una plataforma con 4 enemigos eléctricos y 2 pingüinos que juegan con una bola de nieve gigante, empújala hasta donde se muestra en la captura de pantalla y salta a la cornisa. Tira del cable de la parte superior y succiona los bloques de hielo para revelar la entrada oculta de la Galaxia Perdida.
11. Final Encore
El 11º nivel secreto «Final Encore» se desbloquea inmediatamente después de terminar los otros 10 niveles secretos. Aparecerá en medio de la Galaxia Perdida.
Estos son todos los niveles secretos de Astro Bot. Para un recorrido completo al 100% de todos los niveles, visita Guía de coleccionables de Astro Bot.
